进行菌种培养的厂家，应设置符合微生物操作相关要求的显微镜检查室、微生物培养室、培养基制备室、菌种保藏室、无菌室及保温室等，一般酒厂可一室多用。
无菌室一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。可以用板材和玻璃建造。面积不宜过大，4~5m2即可，高2.5m左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室和紫外线灯距离工作台面1m。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
无菌室的具体要求如下：
(1)无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20~24℃，湿度保持在45%~60%。超净台洁净度应达到100级。
(2)无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
(3)严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
(4)无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5%的甲醛溶液，70%的酒精溶液，0.1%的新洁尔灭溶液等。
(5)无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
(6)需要带人无菌室使用的仪器、器械、平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
(7)工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用的工作服、鞋、帽子、口罩和手套（或用70%的酒精再次擦拭双手），方可进入无菌室进行操作。
(8)无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30min以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20min。
(9)供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70%的酒精棉球消毒外表面。
(10)每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
(11)吸取菌液时，必须用洗耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
(12)接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
(13)带有菌液的吸管、试管、培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24h后取出冲洗。
(14)如有菌液洒在桌上或地上，应立即用5%石炭酸溶液或3%的来苏尔倾覆在被污染处至少30min，再做处理。工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽灭菌后洗涤。
(15)凡带有活菌的物品，必须经消毒后，才能在水龙头下冲洗，严禁污染下水道。
(16)无菌室应每月检查菌落数。在超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至约45℃的营养琼脂培养基约15mL，放至凝固后、倒置于30~35℃培养箱培养48h，证明无菌后，取平板3～5个，分别放置工作位置的左中右等处，开盖暴露30min后，倒置于30~35℃培养箱培养48h，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落。如超过限度，无菌室进行彻底消毒，直至重复检查合乎要求为止。