同白酒、葡萄酒一样，药酒也面临着一个难题：没喝完的药酒如何贮存？
药酒制成后，不可能很快饮完，为防止污染和变质，必须妥善地储藏。从开始选择原料时即应注意，切不可用霉烂之品，带来污染源。装酒的容器一定要洗净、经水煮沸消毒、晾干或烤干，也可用75%的酒精冲刷消毒。将药酒灌入时选择环境清洁、空气清新之处。灌入后应密封，写好标签贴上，注明药酒名称和灌人日期，置阴凉、干燥处，温度最好在10℃~15℃之间，避免日光直接照射，避免与有机溶剂（香蕉水、苯、甲醛等）、煤油、汽油、化妆品、沐浴露等气味浓烈、刺激性大的物品放置一处。黄酒、糯米酒、低度白酒浸泡的药酒不宜久置，最好在半个月内饮完，夏季则应置于冰箱内，以防馊败。
如果贮存与保管不善，不但影响药酒的治疗效果，而且会造成药酒的变质或污染，因而不能再饮用。因此，对于服用药酒的人来说，掌握一定的贮存药酒知识十分必要。