在古代，用酒治病，特别是制成药酒来防治疾病的现象十分普遍，因而古人多视酒为“百药之长”。
中医跟酒的关系特别密切。在中华民族传统中医学的发展史上，有“医源于酒”之说。“医”字正体字写作“醫”，下半部分的“酉”在古汉语中即代表酒，而且酒 本身就是一味中药，它是世界上最古老的药品之一，中医用酒治病的历史也非常悠久。我国最早的中医经典著作《黄帝内经》里有过这样的句子：“自古圣人之作汤 液醪醴，以为备耳”，从这句话可以看出，酒这种发酵的制品，就是最早的中药。
酒问世之前，人们得了病，往往求“巫”以治。由于酒的酿造和饮用，我们的先祖发现这种液体能通血脉、散湿气、温肠胃、御风寒，还能开胃下食、除风下气，乃至止腰膝疼痛，行药势、杀百邪恶毒气，于是酒在医疗上的作用迅速取代了巫术。后来，随着中医药的发展，酒才渐次退而成为中药的辅料。
在中药里，用到酒的方子很多。比如张仲景《伤寒杂病论》中载的炙甘草汤，在这个方子里，就要将包括炙甘草在内的九味中药，放在清酒和水里面煎煮，它是 主治心动悸、脉结代的名方。在《金匮要略》里也记着一个方子，叫栝楼薤白白酒汤，它的组成就是栝楼、薤白、白酒，三味同煮，分温而服，它的作用主要是扩张血管，抗缺氧，抑制心率不齐，对缺血心肌具有保护作用等等。另外，还有红兰花酒，“将红兰花与白酒同煎至白酒的一半，去渣候温，取服”，能达到行血止痛的效果。
酒在煎煮之后，醉人的成分会挥发出去，剩下能够通经活血的物质。酒在煎药的过程中，容易发生变性，因此，煎药的时候，熬好药往里兑酒是一回事，把酒加 在药里同熬又是另一回事。一般而言，酒在炮制中药的过程中，发挥的是通行药性的作用。酒性是轻的，中药经过酒的炒制之后，能带动药性往上走，比如黄芩；酒 炒之后，药性集中在人体的上半部分。相反，如果药用盐炒，药性则集中在下边，在肾经上起作用。要想入肝经，则用醋炒。这是中药炮制过程中，借不同物质，让药性在人体的不同位置发挥作用。
因为酒具有通经络的作用，它能更快地促进血液循环，带着药在身体里运行，所以国人还发明了药酒。药酒里可以兼纳多种中草药，将它们的药性混溶一体，便于人体的吸收；在饮食中达到疗养身体的目的，非常值得推广。药酒的功效在清宫里得到过很大的发挥，乾隆皇帝特别注重养生，爱饮保健药酒，也给后世留下很多珍贵的药酒方子。
此外，药酒也可以外用。有一些药酒药性非常猛烈，不适于口服，通过擦洗患处的方式，可以使药物渗透，起到止痛和通经络的效果。发展到后来，很多外用的药水里，都含有酒精的成分，比如治疗跌打损伤的药酒、六神花露水等等，它们都是借用酒力来行药性，使得起效更快。概而言之，在中医药里面，酒从最早的中药汤剂，演变为中药的辅料，不管是在内用和外用上，都发挥着重要的作用。
“酒为百药之长”，这是古人对酒在医药领域应用的高度评价。酒在医学上的应用，也是我国医药学的一大发明。